腭裂的小朋友最容易伴发的耳部疾病就是分泌性中耳炎（又称为中耳积液）。因为腭裂的小朋友上腭有缺陷，软腭的肌肉发育和分布均不正常，先天性咽鼓管周围肌肉发育不良，导致咽鼓管功能异常，比起无腭裂的正常小朋友来说，腭裂的小朋友更容易经常有分泌性中耳炎的问题。据统计，一岁左右的腭裂患儿，分泌性中耳炎的比例高达95％以上，是常见的并发症。
从耳朵内的中耳到鼻咽部，有一条通道叫咽鼓管。咽鼓管可以让中耳的分泌物引流到咽喉中，也可以将空气导入封闭的中耳腔内，维持鼓膜内外两侧的压力平衡。儿童腭裂者先天性咽鼓管周围肌肉发育不良，导致咽鼓管功能异常，就容易引起分泌性中耳炎。
分泌性中耳炎是以中耳积液及听力下降为特征的中耳非化脓性炎性疾病，儿童多见，主要表现为在上呼吸道感染后以耳痛、耳闷胀感和听力减退等症状。
分泌性中耳炎的症状主要有听力减退或耳内有闷堵感，但因年龄较低的小朋友大多不会表达上述症状，所以父母一般都不会察觉。除非积液继发感染，变成急性化脓性中耳炎时，才会出现发热或是耳道内有分泌物流出等现象。有时幼儿会因为耳朵不舒服而时常用手抓耳朵，或者出现对声音反应比平时较慢、需要更大音量才会有反应等现象，此时也要怀疑是否耳朵出现了问题。
耳鼻喉科医师可以用耳镜来检查鼓膜是否正常，并且通过做听力检查以评估是否有听力障碍，其中鼓室图检查能较好的反映中耳的功能状况，可以测出早期的中耳病变如中耳积液等。
腭裂的治疗方法是唇腭裂修补手术，研究发现，即使在进行了腭裂的修补手术之后，腭裂小朋友发生中耳炎的概率仍然比正常小朋友高得多。如果伴发分泌性中耳炎并且药物治疗后仍反复发作或者迁延不愈（单耳>6个月，双耳>3个月），可以考虑在耳鼻咽喉头颈外科做鼓膜置管术。鼓膜置管术需在全身麻醉下进行，即在鼓膜上打一个小孔放一根细小的导管，把中耳里积聚的液体（浆液或黏液）引流出来，以改善听力及减轻耳闷感。其中大约1/3-1/2的小朋友可能需要反复置管。也有医生认为可以在腭裂修补时直接置管，但对此目前还有一定的争议。如果反复置管也不能改善症状的话，还可以考虑进行咽鼓管球囊扩张术，改善咽鼓管功能，通畅引流。
关于腭裂引起的中耳炎，家长们最关心的问题莫过于会不会影响小朋友的听力了。答案是：由于中耳炎的缘故，听力或多或少会受到影响，而且腭裂程度越严重，听力受影响程度越重，听力下降累计时间也会更长，治疗上也更困难。
腭裂引起的分泌性中耳炎，听力损失的性质是传导性的，这种性质的听力损失早期也是可逆性的，通过治疗中耳炎可以改善听力。但分泌性中耳炎如果不治疗，久而久之，鼓膜及中耳腔会形成类似皮肤疤痕样的组织而硬化，如果再加上经常的化脓性中耳炎，则鼓膜及中耳受损的程度会更严重，造成永久的听力障碍，进而影响到正常发音与语言发育。另外，慢性中耳炎的患者也容易在耳内产生一种称之为“胆脂瘤”的病理组织，会破坏耳道、中耳、内耳、颅骨，甚至压迫到脑部，造成严重并发症。
在腭裂修复手术后，中耳炎会有一定程度的改善，听力也会相应提高，如果配合鼓膜置管术，效果会更好。有些医生认为鼓室置管手术越早，听力损失预后越好，并且建议在第一次唇腭裂修复术时即可进行置管术。还有医生认为，在唇腭裂修复术后咽鼓管功能有所改善，并且这种改善并非只表现在术后短时间内，对咽鼓管功能的改善还有较长期的积极作用。一般来说，随着年龄增长，咽鼓管肌肉发育逐渐完善，再加上唇腭裂修复术后局部生理解剖功能的恢复，这些综合因素作用下听力有自愈趋势。如果担心儿童期听力下降影响语言发育，可以选择佩戴一段时间的助听器辅助听力。当然，也有少数病人还是会有一定程度的听力障碍。
总体来说，如果发现小朋友患有腭裂，建议家长们及时到耳鼻咽喉头颈外科就诊，检查双耳的鼓膜和听力状况。如有问题及时就诊治疗，保护好宝宝珍贵的听力。